Y染色體完整測(cè)序或改善細(xì)菌DNA研究
張佳欣
8月23日,美國(guó)國(guó)家人類(lèi)基因組研究所在一篇發(fā)表在《自然》雜志的論文中表示,美國(guó)研究人員領(lǐng)銜的團(tuán)隊(duì)首次發(fā)布了完整的人類(lèi)Y染色體基因序列,這是最后一個(gè)被完全測(cè)序的人類(lèi)染色體。在此次研究中,一個(gè)意想不到的有趣發(fā)現(xiàn)是,在過(guò)去的研究中,Y染色體DNA曾多次被錯(cuò)誤地認(rèn)為是細(xì)菌DNA。如今,科學(xué)家終于能夠?qū)⒍邊^(qū)分開(kāi)來(lái)。
那么,細(xì)菌DNA和人類(lèi)DNA有何異同?為什么二者會(huì)被混淆呢?
Y染色體基因序列缺失帶來(lái)的“誤會(huì)”
深圳華大生命科學(xué)研究院副院長(zhǎng)金鑫在接受科技日?qǐng)?bào)記者采訪時(shí)表示,之前的一些研究將Y染色體DNA誤認(rèn)為是細(xì)菌DNA,部分原因可能在于樣本來(lái)源和污染控制。細(xì)菌DNA的提取通常來(lái)自人類(lèi)皮膚、腸道等樣本,而在提取過(guò)程中可能會(huì)混入人類(lèi)的DNA。在沒(méi)有足夠參照序列進(jìn)行比較的情況下,很難準(zhǔn)確區(qū)分細(xì)菌DNA和其他DNA。
美國(guó)加州大學(xué)圣克魯斯分校在官網(wǎng)發(fā)布的消息稱,由于細(xì)菌DNA通常取自人類(lèi)皮膚,因此,在細(xì)菌的基因組樣本中,或許會(huì)不可避免地混入對(duì)研究造成污染的人類(lèi)DNA。在研究細(xì)菌DNA時(shí),科學(xué)家借助當(dāng)前的人類(lèi)參考基因組來(lái)識(shí)別哪些序列來(lái)自人類(lèi),從而刪除這些序列,只留下細(xì)菌DNA進(jìn)行研究。
但是,又因?yàn)閅染色體此前未完成測(cè)序,是人類(lèi)基因組拼圖中的空白,這導(dǎo)致在分析時(shí),研究人員可能沒(méi)有足夠的參照標(biāo)準(zhǔn)來(lái)進(jìn)行比對(duì)和確認(rèn),難以確定某些序列的來(lái)源,從而誤以為這部分DNA是他們正在研究的細(xì)菌DNA的一部分。
將推動(dòng)人類(lèi)對(duì)細(xì)菌基因組的研究
“細(xì)菌DNA和人類(lèi)DNA都由一系列核苷酸堿基組成,包括腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)、胞嘧啶(C)和鳥(niǎo)嘌呤(G)。絕大多數(shù)生物的基因組都是由這些堿基按照不同的順序組成。細(xì)菌的基因組同樣由這些堿基組成,即使在細(xì)菌中也存在著與人類(lèi)DNA相似的堿基序列。”金鑫介紹說(shuō),“然而,細(xì)菌DNA與人類(lèi)DNA在整體上存在差異。細(xì)菌是單細(xì)胞微生物,其基因組相對(duì)較小,只含有少量基因,而人類(lèi)擁有復(fù)雜得多的基因組,包含大量的基因!
加州大學(xué)圣克魯斯分校官網(wǎng)公布的信息稱,此次將細(xì)菌DNA和Y染色體DNA區(qū)分開(kāi)來(lái)的新發(fā)現(xiàn)有望改善細(xì)菌基因組的相關(guān)研究。這篇論文指出,有證據(jù)表明,在一個(gè)公共數(shù)據(jù)庫(kù)中,大約5000個(gè)細(xì)菌基因組可能含有與人類(lèi)Y染色體基因序列匹配的污染部分。
今后,科學(xué)家可以使用更新后的人類(lèi)參考基因組來(lái)研究這些細(xì)菌物種的基因組。他們能夠正確地從細(xì)菌基因組中刪除所有人類(lèi)污染,包括Y染色體DNA,從而對(duì)細(xì)菌基因組有更清晰的了解。
而更好地理解細(xì)菌DNA可能會(huì)對(duì)醫(yī)學(xué)產(chǎn)生重大影響,因?yàn)槿梭w充滿了微生物。目前,細(xì)菌的基因序列已經(jīng)在從腸道健康到癌癥的各種研究中得到應(yīng)用。