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使用基于CRISPR譜系追蹤方法

肺癌細(xì)胞“家譜”可揭示癌癥發(fā)展進(jìn)程

張夢(mèng)然

2022年05月06日07:48 來源:科技日?qǐng)?bào)

據(jù)5日發(fā)表在《細(xì)胞》雜志上的一項(xiàng)研究,一個(gè)國(guó)際研究團(tuán)隊(duì)使用基于CRISPR的譜系追蹤方法,從第一次致癌突變激活開始追蹤肺癌細(xì)胞,最終記錄了迄今為止最全面的肺癌細(xì)胞進(jìn)化過程,這份詳細(xì)的腫瘤病史揭示了對(duì)肺癌如何進(jìn)展和轉(zhuǎn)移的新見解。

癌細(xì)胞可進(jìn)化出抗藥性、更具侵襲性和轉(zhuǎn)移性,并擴(kuò)散到身體的其他部位形成新的腫瘤。癌癥進(jìn)化的這些特征越多,它就越致命。研究人員想了解癌癥是如何演變的,從而進(jìn)行預(yù)防和治療。但當(dāng)癌癥被發(fā)現(xiàn)時(shí),它通常已在患者身上存在數(shù)年甚至數(shù)十年,而關(guān)鍵的進(jìn)化時(shí)刻從沒有被觀察過。

美國(guó)懷特黑德研究所喬納森·韋斯曼和合作者開發(fā)了一種可追蹤幾代癌細(xì)胞的新方法,使研究人員能夠分析它們的進(jìn)化歷史。這種譜系追蹤方法使用CRISPR技術(shù)為每個(gè)細(xì)胞嵌入可遺傳和可進(jìn)化的DNA條形碼。每次細(xì)胞分裂時(shí),它的條形碼都會(huì)被輕微修改。當(dāng)研究人員最終收獲原始細(xì)胞的后代時(shí),他們就可比較細(xì)胞的條形碼來重建每個(gè)細(xì)胞的“家譜”,就像相關(guān)物種的進(jìn)化樹一樣。研究人員使用了類似的方法來跟蹤新冠病毒的演變。

韋斯曼表示:“這是一種以更高的分辨率觀察癌癥進(jìn)化的新方法。以前,導(dǎo)致腫瘤危及生命的關(guān)鍵事件一直是不透明的,因?yàn)樗鼈冧螠缭谀[瘤遙遠(yuǎn)的過去中,但這為我們提供了了解這段歷史的窗口!

為了從一開始就追蹤癌癥,研究人員開發(fā)了一種方法,可同時(shí)觸發(fā)細(xì)胞中的致癌突變并記錄細(xì)胞的發(fā)展過程。他們對(duì)小鼠進(jìn)行改造,當(dāng)它們的肺細(xì)胞暴露于一種特制的病毒時(shí),會(huì)激活Kras基因中的致癌突變,并使細(xì)胞中的腫瘤抑制基因Trp53失活,同時(shí)激活譜系追蹤。小鼠模型經(jīng)過工程改造后,使得肺癌在其中的發(fā)展與在人類中的發(fā)展方式非常相似。

研究人員在收獲癌細(xì)胞之前讓癌細(xì)胞進(jìn)化了幾個(gè)月。然后他們使用之前開發(fā)的算法,從修改后的DNA條形碼中重建細(xì)胞的家譜,還使用RNA測(cè)序測(cè)量了細(xì)胞中的基因表達(dá),以表征每個(gè)細(xì)胞的狀態(tài)。有了這些信息,他們就可以“拼湊”這種類型的肺癌如何變得具有侵襲性和轉(zhuǎn)移性。

研究人員表示,揭示腫瘤細(xì)胞之間的關(guān)系,是理解它們的基因表達(dá)譜和深入了解侵襲性狀態(tài)出現(xiàn)的關(guān)鍵。

【總編輯圈點(diǎn)】

在此次小鼠模型中,癌細(xì)胞是從正常細(xì)胞發(fā)展而來,腫瘤進(jìn)展在原生環(huán)境中長(zhǎng)時(shí)間發(fā)生,這就意味著,其與人類患者身上發(fā)生的情況非常相似。對(duì)于科學(xué)家來說,這種模擬和因此衍生的見解對(duì)癌癥治療非常重要。因?yàn)槿藗冏钆碌霓D(zhuǎn)移,通常發(fā)生在癌癥變得致命的時(shí)候,如果可以細(xì)致入微地研究癌癥演變,人們就能知道哪些類型的癌癥會(huì)以何種方式發(fā)展出轉(zhuǎn)移的能力,從而設(shè)計(jì)出干預(yù)措施來加以阻止。

(責(zé)編:孫紅麗、楊迪)


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